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Title :
Paucilactobacillus hokkaidonensis LOOC260 complete genome
JobID :
7d52e3dd-145e-44ac-b9fe-4d0d441098e9
Job Status :
COMPLETE

[2024-02-07 18:03:22.030974] Job submitted.
[2024-02-07 18:03:22.162777] Job started.
[2024-02-07 18:06:56.943552] Job completed.

1. Preparation for Submit.

You can create DDBJ Submission Files (sequence file and annotation file) required to submit the genome through DDBJ Mass Submission System (MSS).
Before submission, you need to register BioProject and BioSample. If necessary, raw sequence data should be deposited in SRA.

1. Create a DDBJ submission account
Open the submission portal page D-way, and create a new account.
2. Registration to the BioProject Database
Log-in at D-way, and create a new BioProject.
3. Registration to BioSample Database
Log-in at D-way, and create a new BioSample.
A unique Locus Tag Prefix is required for submitting an annotated genome, which can be registered during the submission procedure of BioSample. To start using MSS, please apply from MSS application form. Please check the latest information at the MSS guideline.

このページでは DDBJ Mass Submission System (MSS) を用いて塩基配列を登録するために必要な２種類のファイル (配列ファイルとアノテーションファイル) を作成できます。
登録に先立ち、BioProject Database と BioSample Database への登録を次の手順に従って行います。必要に応じてシークエンスデータの SRA への登録も行います。

1. DDBJ登録アカウントの取得
登録ポータル D-way でアカウント申請を行います。
2. BioProject Database への登録
D-way にログインし、新規 BioProject を登録します。
3. BioSample Database への登録
D-way にログインし、新規 BioSample を登録します。
ファイル作成時に必要な Locus Tag Prefix は BioSample 登録時に取得することができます。以上の準備ができたら 申し込みフォーム から MSS の利用申請を行います。MSSの詳細については DDBJ の ガイドライン を参照してください。

2. Assembly status
Choose "Draft (WGS)" or "Complete" to specify the assembly status of your genome.
If you want to submit a complete genome, you must specify a sequence name, type (chromosome/plasmid), and topology (linear/circular) for each entry in the Seq-names/Gene-IDs tab.
ドラフトゲノム / コンプリートゲノム の指定を行ってください。
コンプリートゲノムを DDBJ に登録する場合には Seq-names/Gene-IDs ページで配列名・配列種別 (染色体/プラスミド)・直鎖/環状の指定を次のステップに進む前に行う必要があります。
Assembly status:

Please confirm sequence names/types/topologies in the Seq-names/Gene-IDs tab before proceeding to the next step.

Example of data submission files: Draft genome (WGS) / Complete genome
For more details about WGS submission, please refer to the following page [ ja / en ].
3. Input Metadata

Input metadata by filling the form to create the submission file. Please refer to the instruction for more information for each item.
If you want to add items not shown in the form, you can add them manually after downloading the annotation file.

You can "Preview" the provided metadata. You can also import metadata from another DFAST job by providing the job ID in the text box below. By default, organism specific data, such as a species name or a strain name, are not imported. To enable this, check the "Override organism specific data".

登録ファイル作成に必要なメタデータをフォームに入力します。 入力項目の詳細な説明や作成例については こちらのページ を参照してください。
フォームにない項目はファイルダウンロード後に手動で修正を行ってください。 メタデータを入力せずに空欄のままファイルを作成し、ダウンロード後に手動で入力することも可能です。

メタデータ入力後 "Preview" ボタンで確認ができます。また、ジョブ ID を入力して他のジョブからメタデータをコピーすることができます。デフォルトでは生物種名や菌株名などのデータはコピーされませんが、"Override organism specific data" を有効にした場合、これらのデータも上書きされます。

4. Download Submission Files

You can download the sequence file and the annotation file. You can also check the file format and translated amino acid sequence using Parser and transChecker.
If you have editted the annotation and metadata, files are automatically updated.

作成したファイルをダウンロードできます。Parser および transCheckerを使用してファイル書式およびアミノ酸翻訳配列のチェックを行うことができます。
アノテーションやメタデータを編集した場合、変更内容は自動的に反映されます。

Format Check
Sequence (preview)
Annotation (preview)
Zip Download
5. Submit Your Genome.

Send downloaded submission files via MSS Submission Form. D-way account is required to use MSS Submission Form.

If you have any questions about submission or MSS usage, please make an inquiry at DDBJ Contact Form or send an email to DDBJ. Please contact us by email for inquiry regarding DFAST web service ( dfast at ddbj.nig.ac.jp ).

作成したファイルに問題がなければ、ダウンロードしたファイルを MSS登録フォーム から送信してください。MSS登録フォームの利用にはD-wayアカウントが必要です。

登録手順や MSS の利用に関する質問は DDBJ の 問い合わせフォーム もしくは DDBJ 宛てにメールでお問い合わせください。DFAST ウェブサービスについての質問は dfast at ddbj.nig.ac.jp 宛てにメールでお問い合わせください。